Urusan sistem operasi tentu merupakan salah satu faktor yang jadi perhatian pada produk Intel compute Stick ini. Pasalnya, produk ini tidak seperti komputer PC Dekstop pada umumnya yang membebaskan Anda untuk mengisi sistem operasi dan menyesuaikan dengan media penyimpanan. Intel compute Stick perlu penyesuaian dengan sistem sehingga penggunanaan sistem operasi pada produk ini akan melahirkan dua tipe produk yang berbeda. Versi pertama adalah Intel compute Stick dengan sistem operasi Windows. Versi ini tersemat memori internal 32GB dan RAM sebesar 2GB. Sementara tipe kedua adalah Intel compute Stick dengan OS Ubuntu. Versi kedua ini, tersemat memori internal 8GB dan RAM 1GB.